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JabRef 最大的特点就是使用 BibTeX 格式的数据库，所以它最适合 LaTeX 用户使用；如果仅仅使用它的管理功能，也可以用于本地电子书的管理；对于使用 M$ Office 写论文的用户来说，EndNote 是最好的选择，它能集成到 M$ Word 中，所以不推荐使用 JabRef。
JabRef 的文献数据库是纯文本的 bib 文件，可以将该数据库文件放在该主题文献的目录下。比如要建立一个 p2p 方向相关文献的数据库，只需建立一个 p2p 目录，在 JabRef 中选择 File->New Database，然后 Ctrl-s，将该数据库起名 p2p.bib，保存在 p2p 目录下。然后将 File->Database properties 中的 Database Encoding 设置为 UTF-8（这是因为论文的作者可能是法国人和我们会经常用中文写些注释，所以最好用国际化的字符集）， Directory 都设置成点号 .（表示当前目录，这样你就可以将整个目录打个包，扔到另一台 Linux/Win/Mac 机器上照常使用）。
